Em 1962 são formados, em Zemba, Angola, os primeiros 6 grupos de tropas do Exército Português especialmente adaptadas ao tipo de guerra que estava a decorrer em África, tendo sido, para o efeito, criado o Centro de Instrução 21 – Centro de Instrução Especial de Contraguerrilha. Estes grupos, embriões das Forças Comando, tiveram um enorme êxito em operações e revelaram ser a resposta ideal às exigências do teatro operacional num ambiente de contraguerrilha e subversão.

Em 1963, na região de Quibala, Angola, foram criados mais dois Centros de Instrução (CI), o CI 16 e o CI 25. Aparecia, pela primeira vez, o nome de COMANDOS para as forças aí instruídas.

Face aos excelentes resultados operacionais obtidos pelos Comandos em Angola, a sua formação e modo de atuação, estenderam-se às restantes Províncias Ultramarinas Portuguesas pelo que, em 1964, se iniciam na Namaacha, Moçambique, e na Guiné, na região de Brá, os primeiros cursos de Comandos de Moçambique e Guiné, respetivamente.

Em 1965 passa a funcionar, em Luanda, o Centro de Instrução de Comandos, criado por Decreto-Lei nº 46410 de 29 de junho de 1965. Durante 10 anos o Centro de Instrução de Comandos formou Companhias com destino a Angola e Moçambique.

Em 1966 é criado em Lamego um Centro de Instrução, onde passam a ser formadas Companhias de Comandos para os Teatros de Operações (TO) da Guiné e de Moçambique. Em 1974 a formação de Comandos passa a ser centralizada na Amadora.

Durante os cerca de 12 anos de atuação dos Comandos na Guerra de África, os efetivos empenhados em operações foram mais de 9000 homens (510 Oficiais, 1587 Sargentos e 6977 Praças), integrando 67 companhias nos três TO, tendo havido 357 Mortos, 28 Desaparecidos e 771 Feridos.

No seu desempenho operacional são inúmeros os exemplos de resultados brilhantes, tendo os militares Comando recebido, por feitos em combate, as seguintes condecorações individuais:

• Ordem Militar da Torre e Espada, do Valor, Lealdade e Mérito - 12;
• Medalha de Valor Militar - 23;
• Medalha da Cruz de Guerra - 375.
  Em 1 de maio de 1975, é criado o Regimento de Comandos (RCMDS) que passa a englobar, na sua orgânica, um Batalhão de Comando e Serviços, um Batalhão de Instrução e dois Batalhões de Comandos, tornando-se a unidade operacional de reserva à ordem do Chefe do Estado-Maior do Exército.
  Num período em que ficou conhecido em Portugal como o “Verão Quente” de 1975, os Comandos tiveram um papel preponderante no desenrolar das ações, impedindo que a situação culminasse numa guerra civil. A sua intervenção revelou-se fundamental no restabelecimento da democracia e da ordem, demonstrando ser forças disciplinadas e sempre prontas para atuar.
  Pela brilhante carreira militar na Guerra de África e pelos altos serviços prestados à Pátria no 25 de novembro de 1975 o Comandante do Regimento de Comandos foi condecorado com a Ordem Militar da Torre e Espada, do Valor, Lealdade e Mérito.
  A partir de 1977, o Regimento de Comandos começou a formar anualmente o efetivo correspondente a 6 Companhias de Comandos e ainda especialistas necessários ao preenchimento dos Quadros Orgânicos das suas subunidades de apoio de serviços.

Em 1993, o Regimento de Comandos é extinto e a especialidade Comando é temporariamente suspensa.

Em 1996, decorreu em Lamego, o 99.º Curso de Comandos para Oficiais e Sargentos do Quadro Permanente, com a finalidade de manter a especialidade, em especial para permitir continuar a honrar compromissos de Cooperação Técnico-Militar com a República de Angola, onde desde 1993 uma equipa de assessores militares Comandos apoiava a formação de Comandos Angolanos e a preparação da sua Brigada de Comandos.

Em 9 de maio de 2002 o Despacho n.º 16 do General Chefe de Estado-Maior do Exército, reativa uma Unidade de Comandos de escalão Batalhão, sediada no Regimento de Infantaria n.º 1 na Serra da Carregueira.

Em 16 de setembro de 2002, inicia-se o centésimo curso de Comandos, que termina em 21 de dezembro de 2002 e permite criar a 1ª Companhia de Comandos, materializando-se assim o levantamento do Batalhão de Comandos.

Em 01 de julho de 2006, o Centro de Tropas Comandos muda-se para Mafra.

Em 1 de abril de 2008, o Centro de Tropas Comandos regressa ao aquartelamento da Serra da Carregueira, onde se mantém com o encargo operacional de um Batalhão de Comandos, a três Companhias de Comandos e uma Companhia de Comando e Apoio.

Símbolos
O símbolo identificativo das tropas de Comandos do Exército Português mais conhecido é a famosa Boina Vermelha. Pelo uso deste item de fardamento os comandos são algumas vezes chamados de "Boinas Vermelhas".

Lema
O lema dos Comandos é o verso latino da Eneida de Virgílio Audaces Fortuna Juvat, que significa “A Sorte Protege os Audazes”.

Grito de Guerra
O seu Grito de Guerra, retirado de uma tribo bantu do Sul de Angola que o usava na cerimónia de entrada na vida adulta é: MAMA SUMAE, que em Português significa: Aqui Estamos, Prontos para o Sacrifício!